Prve jevrejske porodice su se naselile na obodima Subotice 1775. godine. Nakon nepunih deset godina Jevreji su zatražili i dobili dozvolu da formiraju svoju versku zajednicu.
Pre kraja XVIII veka 13 porodica je imalo zvaničan status u gradu i tada je sagrađena prva sinagoga. Još uvek rigorozni i restriktivni zakoni prema Jevrejima, ograničavali su ih u pravima i izboru zanimanja.
Ipak zajednica se polako razvijala. Početkom XIX veka u Subotici su živele 43 jevrejske porodice, postavljen je prvi rabin. Tek posle austrougarske nagodbe 1867. godine usvojen je Zakon o emancipaciji Jevreja. On je bio kratak i jezgrovit: „U korišćenju građanskih i političkih prava, jevrejsko stanovništvo se proglašava ravnopravnim sa hrišćanskim stanovništvom“. Nakon ovih pozitivnih događaja počinje brzo uključivanje Jevreja u privredni, kulturni, politički i sportski život Subotice.
U gradu su tada postojale sinagoga, mikve (obredno kupatilo), jevrejsko sirotište i groblje. Uz pomoć dobrostojećih članova jevrejske zajednice, 1902. godine je izgrađena velika sinagoga. Jevrejska bolnica je sagrađena 1920. godine. U ovom periodu je veliki deo gradske industrije i trgovine bio u rukama Jevreja ali se sa početkom I Svetskog rata završava era brzog rasta. Ipak, i u međuratnom periodu zajednica nastavlja da se razvija.
Nacistička Nemačka je napala Jugoslaviju 6. aprila 1941. godine. Bačku je okupirala Mađarska, a nakon toga je smatrana za sastavni deo te zemlje. Na početku Jevreji nisu bili odvođeni u koncentracione logore u velikim brojevima već su muškarce odvodili u logore na prinudni rad – na teške i opasne poslove na Istočnom frontu i u istočnoj Mađarskoj. Nakon što su nemačke trupe ušle u Mađarsku, 19. aprila 1944. godine, usvojeno je rešenje o „čišćenju zemlje od Jevreja“, a njegovo sprovođenje je počelo nekoliko dana kasnije. Jevrejske porodice su izbačene iz svojih domova i oterane u improvizovani geto odmah nakon nemačke okupacije, a najkasnije do 10. maja 1944. godine. Subotički geto se nalazio blizu teretne stanice i bio je izložen opasnosti od vazdušnih napada.
Jedan od najtužnijih dana za subotičke Jevreje je 16. jun 1944. godine. Na taj dan subotički Jevreji su uterani u vagone za stoku i poslati u Aušvic i druge nacističke logore smrti širom Evrope.
Iako broj žrtava u „Imeniku subotičkih Jevreja žrtava fašističke okupacije 1941-1945” iznosi svega 2006 osoba. Međutim, mobilizacijom u radne jedinice i deportacijom bilo je obuhvaćeno 6105 subotičkih Jevreja ili osoba koji su prema rasnim zakonima smatrani Jevrejima. Od njih se vratilo 1065 (17,44%), a stradalo 5040 (82,56%).
Krajem 40-tih godina 20. veka većina preživelih je emigrirala u novoformiranu jevrejsku državu, u Izrael. U subotičkoj jevrejskoj zajednici je tada ostalo oko 250 članova, koliko ih i danas ima.